Además de los españoles y personas de la Nueva España, también hay familias de Pueblos Originarios que aún sobreviven en la actualidad. Tal es el caso de los desciendes de Moctezuma II, tlatoani de México-Tenochtitlan, después de la Conquista, estas personas fueron incorporados a la nobleza novohispana. Asimismo, también está el linaje Ixtlilxóchitl, procede de la nobleza de Texcoco. El historiador Fernando de Alva Ixtlilxóchitl perteneció a este linaje y dejó numerosas genealogías sobre los gobernantes acolhuas.
Otras familias que también se mantienen son Cocom, Xiu, Pech, Canul y Chel, las cuales son linajes mayas de la península de Yucatán. Los Cocom estuvieron vinculados con la antigua élite gobernante de Mayapán. Estos linajes son anteriores a la llegada de los españoles y algunos apellidos continúan utilizándose actualmente.
Pasando a personas vinculadas a los españoles, uno de los linajes con mayor trayectoria son los Cortés. La familia vinculada a Hernán Cortés se convirtió en una de las principales casas de la nobleza novohispana. Inclusive, el conquistador recibió el Marquesado del Valle de Oaxaca, de los primeros títulos nobiliarios concedidos en Nueva España.
Otro de los más conocidos son los Velasco, quienes llegaron a ocupar posiciones muy importantes durante el virreinato. De hecho, estuvieron relacionados con Luis de Velasco, virrey de Nueva España. También destaca la familia Rincón Gallardo, relacionado con grandes propiedades y posteriormente con la aristocracia mexicana.
De forma general, otras dinastías familiares que se preservan en la actualidad son:
Romero de Terreros: Una de las grandes familias mineras y aristocráticas de la Nueva España. Está vinculada con el Conde de Regla, Pedro Romero de Terreros, y con una de las mayores fortunas mineras del siglo XVIII.
Fagoaga: Familia de origen novohispano vinculada especialmente con la minería y las finanzas. Los Fagoaga aparecen entre las familias de la élite que conservaron relevancia alrededor de la Independencia.
Villapuente, Cervantes, Obregón, Peredo, Suárez y Arellano: También aparecen entre las familias antiguas de hacendados, mineros y propietarios que adquirieron importancia durante el periodo colonial.
Cabe señalar que tener hoy uno de estos apellidos no demuestra por sí solo descendencia de la familia histórica, sino que muchos apellidos se extendieron entre personas sin relación genealógica con el linaje original. En cambio, estas familias se tiene documentación que a día de hoy aún tienen relación directa.
